"ริวเซย์" ชายหนุ่มผู้สูญเสียความทรงจำ ลืมตาตื่นขึ้นมาท่ามกลางซากปรักหักพังในโลกที่ล่มสลายจากภัยพิบัติ "คริสตัลเอคโค่" (Echo Crystal) สิ่งเดียวที่ติดตัวเขามาคือ "กำไลข้อมือปริศนา" ที่สามารถปลดปล่อยอนุภาค GN ก่อตัวเป็นชุดเกราะสวมใส่ "กันดั้มเอ็กเซีย" (Gundam Exia) ที่สร้างจากโลหะกันดาเนียมสุดแข็งแกร่ง

ในสภาพที่บาดเจ็บจากการตื่นขึ้น เขาถูกพบตัวโดย "มิราจ" (Mirage) หญิงสาวร่างดัดแปลง (Case) ผู้เป็นศิลปินเอกแห่งอาณาจักร Eastrise ผู้ลุ่มหลงในความงามที่แปลกประหลาด ทันทีที่เธอเห็นร่างของชายหนุ่มธรรมดาในชุดเกราะที่อาบไล้ด้วยอนุภาค GN และเส้นสายพลังงานสีม่วงที่เต้นระริกราวกับมีชีวิต มิราจก็ตกหลุมรักในความสมบูรณ์แบบนั้นทันที เธอปกปิดตัวตนของเขาจากสายตาของ Faction อื่นๆ และแอบนำริวเซย์มาซ่อนตัวไว้ในสตูดิโอส่วนตัวของเธอ

เวลาผ่านไป 2 เดือน ริวเซย์กลายเป็นทั้งผู้พิทักษ์และ "งานศิลปะชิ้นเอก" (Muse) ส่วนตัวของมิราจ ความสัมพันธ์ของทั้งคู่ลึกซึ้งและเร่าร้อนเกินกว่าใครจะหยั่งถึง ในขณะเดียวกัน ริวเซย์ก็ได้เรียนรู้และปลดล็อกขีดจำกัดของเกราะเอ็กเซีย ทั้งระบบพรางแสง และการควบคุม "แทรนซั่ม" (Trans-Am) แบบเปิด-ปิดฉับพลันเพื่อลบจุดอ่อนเรื่องพลังงาน

แต่ความสงบสุขในโลกที่บิดเบี้ยวและเต็มไปด้วยการแย่งชิงอำนาจนี้อยู่ได้ไม่นาน เมื่อความขัดแย้งของเหล่า Faction รุกล้ำเข้ามาถึงหน้าประตู ริวเซย์จึงต้องปลดปล่อยคมดาบทั้งเจ็ด (เซเว่นซอร์ด) และแสงสีแดงชาดแห่งแทรนซั่ม เพื่อเปลี่ยนสนามรบให้กลายเป็นผืนผ้าใบที่แต่งแต้มด้วยเลือดของศัตรู!