ปริศนาชบาแดงเล่าเรื่องของสองยุคสมัย ระหว่างยุคปัจจุบันคือปีพ.ศ.2560 เมื่อชายหนุ่มชื่อรุจค้นพบจดหมายปริศนาฉบับหนึ่งที่เขียนถึงย่าของตัวเอง จดหมายที่ไม่ได้ลงลายมือชื่อส่งมาจากปากแพรก กาญจนบุรี

เขาตัดสินใจเดินทางไปที่นั่นเพื่อตามหาเจ้าของจดหมายซึ่งอาจจะความเกี่ยวพันบางอย่างกับเขา แต่สิ่งที่รอเขาอยู่ก็คือผีสาว เป็นวิญญาณโดดเดี่ยว ที่จำอะไรไม่ได้แม้แต่ชื่อตัวเอง

รุจเริ่มต้นสืบค้นเรื่องราวทั้งหมดในอดีต จากคนเก่าแก่ รูปวาด บันทึกและได้รู้จักเด็กสาวคนหนึ่งเป็นลูกครึ่งไทย-ญี่ปุ่นชื่อมะลิ และต่อมาได้รับรู้เรื่องราวสมัยสงครามมหาเอเชียบูรพาหรือเมื่อพ.ศ.2484 ที่มีทหารญี่ปุ่นบุกมาที่ปากแพรก

เขาได้พบเจอบันทึกเล่าเรื่องของ” ชบา” กับ “ดาวเรือง” เพื่อนรักสองคน ซึ่งเกี่ยวพันกับตัวเขาและมะลิอย่างลึกซึ้ง

ผีสาวที่ไม่ยอมไปผุดไปเกิดคือใครกัน ทำไมหล่อนและเขาผูกพันกันด้วยดอกชบาแดง

มีความลับอะไรซ่อนอยู่กันแน่