ปีศาจได้ทำการยกทัพบุกโลกด้วยพลังแห่งความมืดและพลังงานด้านลบทำให้ไม่มีอาวุธใดทำร้ายพวกมันได้จนการมาถึงของ  สาวน้อยเวทมนตร์ และ โรงเรียนสาวน้อยเวทมนตร์จึงได้เริ่มการโต้กลับ  1 ปีต่อมาจอมมารได้ถือกำเนิดขึ้นมาด้วยพลังที่มากว่ารุ่นก่อนอย่างเทียบไม่ได้ ทันทีที่ขึ้นสู่ตำแหน่งก็ได้ยิ่งศรเวทมนตร์ไปยังทุกทีบนพื้นโลกว่ากันว่ามนุษย์นั้นเสียกำลังพลไปกว่า 50% โดยเฉพาะฐานทัพทหารนั้นไม่มีเหลือ เหล่าผู้นำโลกได้แต่ขอยอมแพ้และได้ขอร้องเหล่าสาวน้อยเวทมนตร์ให้ยอมแพ้ พวกเธอไม่มีทางเลือกยังไงพวกเธอก็มีบ้านมีครอบครัวมีที่ๆต้องกลับไปจึงได้แต่จำยอม

จอมมารได้ขึ้นเป็นผู้นำสูงสุดของโลกได้ออกคำสั่ง

ยกเลิกระบบประเทศให้เหลือแค่ 1 คือประเทศปีศาจเท่านั้น

โรงเรียนสาวน้อยเวทมนตร์จะถูกสอนโดยปีศาจ และ ตั่งตัวเองขึ้นเป็นอาจารย์ใหญ่

และขอสุดท้ายสาวน้อยเวทมนตร์ทั้งหมดจะถูกบังคับให้มาเป็นนักเรียนชั้นปีที่ 1

ปีการศึกษาที่ 1 ได้เริ่มขึ้นแล้ว

พวกเธอจะยังมีความหวังอยู่เสมอ

เพิ่มเฟสใหม่!!!ตอน Side Story เป็นเนื้อเรื่องของเหล่า Shin Magika ด้วยกำลังใจที่ได้รับจากทุกคนทำให้เค้าเขียนเฟสใหม่นี้ได้